När Gustaf III år 1783 beviljade religionsfrihet för katoliker av utländsk härkomst, erbjöds den blygsamma katolska församlingen, ca 200 personer, lokaler i dåvarande Södra stadshuset, nuvarande Stadsmuseet vid Slussen. År 1837 kunde den lilla församlingen flytta till en egen kyrka vid Norra Smedjegatan i centrala Stockholm. Kyrkan är helgad till Sankt Eugenia (Eugénie d’Alsace), en abbedissa (700-735) i klostret Mont Sainte-Odile i Alsace. Det var den första katolska kyrkan som byggdes i Sverige och Norge efter reformationen. Namnet S:ta Eugenia valdes i tacksamhet mot de svenska drottningarna Desideria och Josephina, vilka båda räknade Eugenia bland sina många namn och vilka generöst understödde den ursprungliga S:ta Eugenia kyrka.

År 1860 lagstiftades om religionsfrihet även för svenska medborgare. 1879 bildade tyska jesuiter en kommunitet i Sverige och övertog då bl.a. det pastorala ansvaret för S:ta Eugenia församling. Jesuiterna bor och arbetar än idag i församlingen, där de även ansvarar för en omfattande kursverksamhet samt en bokhandel i församlingens lokaler. De hemlösa åren under 1950-talet beslöt Stockholms stadsfullmäktige att ett stort område av det centrala Stockholm skulle omdanas, däribland Norra Smedjegatan. S:ta Eugenia kyrka revs på 1960-talet och församlingen fick omlokaliseras; en smärtsam process vilken började med rivningsbeslutet 1959 och fortsatte ända fram till 1979, då marken på Kungsträdgårdsgatan 12 äntligen kunde brytas och den nya kyrkan börja byggas Mellan 1968 och 1982 fick församlingen hålla till i tillfälliga lokaler; kyrkan rymdes i en f.d. biograf på Drottninggatan medan jesuiternas bostad och övriga församlingslokaler fanns i ett ruffigt hus snett emot. Det gamla huset på Kungsträdgårdsgatan 12, byggt 1887, skulle bevaras och restaureras.

Den nya kyrkan skulle uppföras på en innergård som omges av stora fastigheter bland vilka två är kulturminnesmärkta. Stora krav ställdes därför på den arkitektoniska och byggnadstekniska utformningen såväl som den pastorala uppgiften. Det behöver knappast sägas, att uppgiften att uppföra en kyrka mitt i Sveriges huvudstad på en plats av stor kulturell betydelse krävde en väldig insats från församlingen under en följd av år. Den nya kyrkan invigdes av stiftets biskop år 1982 och reliker av den heliga Eugenia och även av den helige Ansgar, ansvarig för den första kristna missionen i Sverige år 892, murades in i altaret.